Struktūriniai padaliniai

Vilniaus teritorinėje muitinėje yra šie administracijos struktūriniai padaliniai (skyriai):

Mokesčių apskaitos ir išieškojimo skyrius

Muitinės kontrolės organizavimo skyrius

Muitinės procedūrų priežiūros skyrius

Pažeidimų prevencijos skyrius

Tarifų ir muitinio įvertinimo kontrolės skyrius

Teisės skyrius

Ūkio subjektų patikrinimų skyrius