Struktūriniai padaliniai

Klaipėdos teritorinėje muitinėje yra tokie administracijos skruktūriniai padaliniai (skyriai):

Mokesčių apskaitos ir išieškojimo skyrius

Muitinės kontrolės organizavimo skyrius

Muitinės procedūrų priežiūros skyrius

Pažeidimų prevencijos skyrius

Tarifų ir muitinio įvertinimo kontrolės skyrius

Teisės skyrius

Ūkio subjektų patikrinimų skyrius