Struktūriniai padaliniai

Muitinės departamentas prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos yra muitinės veiklai vadovaujanti įstaiga. Muitinės departamentas atskaitingas Lietuvos Respublikos finansų ministerijai.

Muitinės departamente yra tokie struktūriniai padaliniai (skyriai ir tarnybos):

Dokumentų valdymo skyrius

Finansų valdymo skyrius

Imuniteto tarnyba 

Viešųjų pirkimų skyrius

Komunikacijos skyrius

Mokesčių administravimo skyrius

Muitinės informacijos skyrius

Muitinio įvertinimo skyrius

Muitinės kontrolės organizavimo skyrius

Muitinės procedūrų skyrius

Muitų politikos skyrius

Pažeidimų prevencijos skyrius

Personalo skyrius

Statistikos analizės skyrius

Sulaikytų prekių administravimo skyrius

Tarifų skyrius

Tarptautinių ryšių skyrius

Teisės skyrius

Turto valdymo skyrius

Ūkio subjektų patikrinimų skyrius

Vidaus audito tarnyba

Veiklos planavimo ir pokyčių valdymo skyrius

Veiklos priežiūros ir netarifinių priemonių kontrolės skyrius

Muitinės departamento filialas - Muitinės muziejus